默克限制性内切酶是一类能从DNA分子中间水解磷酸二酯键,从而切断双链DNA的核酸水解酶。它们不同于一般的脱氧核糖核酸酶（DNase）,它们的切点大多很严格，要求专一的核苷酸顺序——识别顺序。长期以来，难以深入研究的DNA大分子,借此可以切割成特定的小片段来分析。限制性核酸酶的发现,为基因结构、DNA碱基顺序分析和基因工程的研究开辟了途径。
能将外来的DNA切断，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。由于这种切割作用是在DNA分子内部进行的，故名默克限制性内切酶。
影响内切酶活性的因素有多种，稍有不慎，可能就会导致酶切反应的失败，除了常见的底物浓度、反应温度等因素，还有以下三种需额外注意。
1、保护碱基
酶蛋白在进行切割时，需占据识别位点两边的若干个碱基，被称为保护碱基。
2、质粒高级结构
部分默克限制性内切酶无法切割高级结构的质粒，这时候就需适当加大酶的使用量，或用可适应高级结构的限制酶线性化质粒后再行切割。
3、甲基化保护
甲基化是细菌用来保护自己的基因序列不被内源性内切酶切割的一种机制。常见甲基化：Dam+、Dcm+、EcoKI+、EcoBI+与CpG（真核细胞）等。在实验中一定要注意宿主细胞的甲基化信息。
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