默克限制性内切酶图谱又称DNA的物理图谱，它由一系列位置确定的多种限制性内切酶酶切位点组成，以直线或环状图式表示。在DNA序列分析、基因组的功能图谱绘制、DNA的无性繁殖、基因文库的构建等工作中，建立限制性内切酶图谱都是*的环节
默克限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上，并切割双链DNA。它可分为三类:Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰(甲基化)作用且依赖于ATP的存在。
构建DNA限制性内切酶图谱有许多方法。通常结合使用多种限制性内切酶，通过综合分析多种酶单切及不同组合的多种酶同时切所得到的限制性片段大小来确定各种酶的酶切位点及其相对位置。酶切图谱的使用价值依赖于它的准确性和准确程度。
对质粒DNA酶切反应而言，限制性内切酶用量可按标准体系1μgDNA加1单位酶，消化1-2小时。但要*酶解则要增加酶的用量，一般增加2-3倍，甚至更多，反应时间也要适当延长。
所用的酶量取决于DNA的纯度、量和型态。限制性内切酶的活力单位定义为在适当的温度下，在1小时内，1ugDNA在50ul体积中，被*消化所需的限制性内切酶的量。一般说来，线性DNA比超螺旋DNA更易消化。
那么，如何保存限制性内切酶？不太常用的限制性内切酶多保存在-70oC，每周或每天用的酶保存在-20oC。有一些酶需要不同的保存条件。使用限制性内切酶时，应将酶保存在冰上。
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